Entretanto, para cada componente do complexo de Agroenergia, diferentes desafios são impostos a esta Agenda, atuando como indutores de prioridades de pesquisa, como seguem:

Biogás

a. Desenvolver estudos e desenvolvimento de modelo de biodigestores;

b. Efetuar a modelagem em sistemas de produção de biogás;
 
c. Avaliar o uso do biofertilizante como adubo orgânico;

d. Desenvolver equipamentos para o aproveitamento do biogás como fonte de calor;

e. Desenvolver equipamentos para o transporte e distribuição do biofertilizante;

f. Desenvolver equipamentos para geração de energia elétrica, movidos a biogás;

g. Desenvolver sistemas de compressão e armazenamento do biogás;

h. Desenvolver processos de purificação de biogás;